Στη Β’ φάση του Κυπέλλου προκρίθηκε ο Αστέρας Βάρης μετά τη νίκη του με 8-0 απέναντι στον Ταλώ Μελιδονίου στο Ρέθυμνο το απόγευμα της Τετάρτης (28/10).
Οι Κυπελλούχοι της ΕΠΣΑΝΑ έμαθαν την Πέμπτη (29/10) τον αντίπαλό τους για τη Β’ φάση και κληρώθηκαν ξανά εκτός έδρας καθώς θα αντιμετωπίσουν τον Ατρόμητο Παλαμά, ομάδα της Καρδίτσας.
H τελευταία αγωνίζεται στη Γ’ Εθνική, όπως και η Βάρη, στον 3ο όμιλο, ενώ στην Α’ φάση απέκλεισε εκτός έδρας τον Α.Ο. Μεγάλων Καλυβίων με νίκη 2-1. Η αναμέτρηση των δύο ομάδων θα λάβει χώρα την Τετάρτη 4 Νοεμβρίου
Αναλυτικά τα ζευγάρια:
Ατρόμητος Παλαμά – Κυανούς Αστήρ Βάρης.
Αχέρων Καναλακίου – Α.Ε. Μεσολογγίου.
Ήφαιστος Βρονταμά – Ηρακλής Ξυλοκάστρου.
Α.Ο. Αγίου Νικολάου – ΑΠΟ Κερατσινίου (05/11/2020).
Άγιος Ιερόθεος – Πανθηραϊκός.
Νικητής αγώνα 1ης φάσης Παμβουπρασιακός – Α.Ο. Διαβολιτσίου/Παλληξουριακός.
Νικητής αγώνα 1ης φάσης Μ. Αλέξανδρος Καλλιθέας – Φαλανιακός/νικητής αγώνα 1ης φάσης Α.Ε. Διδυμοτείχου – Νέστος Χρυσούπολης.
Νικητής αγώνα 1ης φάσης Κτηνοτροφικός Αστέρας Καλληράχης – Εορδαϊκός/Αναγέννηση Άρτας.
Προκρίνονται στην 3η φάση άνευ αγώνα: Α.Ε. Καρίτσας, Πανθρακικός και νικητής αγώνα Ορφέας Puma Ξάνθης – Α.Ε. Αμπελοκήπων.